主人公·翔子是就读于流星学园中等部的中学生。和她很亲密的姐姐·响子，自从5年前去海外留学后就失去了行踪。　　某天，身份不明者突然袭击了翔子。　　袭击了她的是过去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下

　　在某中学任教的理科教师城户诚（沢田研二 饰）看似悠闲自在，但是心中却有浓重的厌世情绪和反社会倾向。他白天认真授课，晚上则在自己的寓所进行一项惊世骇俗的研究。原来他竟在秘密制造小型原子弹，为此他不惜

　　故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓